老会计这样做对么？

刚到一个做服装销售的公司，一进来就听老板说这里的成本有点乱，让我了解下情况看该如何解决?经过近一个月的了解大概知道了一些 ;

1、该公司是委托加工做服装销售的(一般纳税人)，主要是进、销、存的成本比较乱。

2、整个的账务处理是一个老会计(主管会计)，但成本那一块是另外一个人核算，结果是算出来的存货成本老会计和专门负责核算的人的相差很大，甚至相差1000多万。而且两人都坚持己见导致差距越来越大，如今算成本的离职，老板也觉得老会计按发票核算的没错。

3、出现这种情况的原因可能是：a商品入库时老会计是以收到的`发票为准而核算成本的是以系统入库的数字为准，货入库了不一定发票开来了。b服装的规格型号繁多开销售发票时不开清单，以客户要求开，以数量和金额为准。c老板在一些商场还开了一些自营店经常有退货调货之类的 但不开发票。

由于进销存成本那块之前也没接触过，鉴于这些情况我也觉得一筹莫展，不是我来就能解决的，但又很想保住这份工作，不知类似行业或情况的公司的怎么做的，希望有经验的能给些宝贵建议。。。。谢谢!!!!!