为什么分两次发的工资还要扣个人所得税？

我们企业的工资是分开发的
（每月15号发）第一次是基本工资；
（每月23号发）第二次是补贴工资两项 起来超过2000元的个税起征点？第一次发的是有工资条的`工资（直接打到银行卡）；第二次发的工资是没有工资条的现金。既然两项工资不是一次发的
为什么企业还要扣我们的个人所得税？