工资及退休相关的问题？（辽宁大连）

我父亲于1979年开始在一家国有企业工作，直到2008年，公司体制改革，应该是变成了私人公司（改名为XX有限公司）。由于父亲一直有轻度的抑郁症（不是总发作），经过叔叔和厂里领导的商量（本人当时在日本），写了一张有现任厂长和当时车间主任，还有我叔叔签字的`协议，大体内容是，我父亲可以不上班，仍然享受在职职工的待遇。可是从那以后（2008年2月），一直到现在，一个月的工资也没给我父亲发。当然，我父亲也一直没有上班，原因就是由那张协议的存在，去了工厂，反而惹得人家不高兴。。。
2011年9月，我父亲就年满60周岁，退休的年纪。
我想知道的是：
1。那张协议有没有法律效力？我父亲将近3年的工资能不能要回来？
2。如果那张协议没有作用，按照现在同厂子的关系，我父亲的退休手续应该怎么办理？什么时间办理？（估计厂子不能给办）
3。如果厂子最近这3年的时间，没有给交养老保险/医疗保险之类的，是不是会影响退休？如何解决？（厂子没有给我们任何通知）
谢谢帮助！